Sinopsis Innocence/Koukaku Kidoutai 2: Innocence/イノセンス/Ghost in the Shell 2: Innocence/Ghost in The Shell 2: Innocence: Dengan mayor Motoko Kusanagi hilang, Batou Bagian 9 ditugaskan untuk menyelidiki serangkaian pembunuhan mengerikan – tampaknya di tangan gynoids yang salah, atau robot seks. Tetapi ketika gynoid yang salah membuat Batou pesan samar, ia mulai mempertanyakan penyebab kegagalan fungsi mereka. Kecurigaan pembunuhan yang bermotivasi politik dan “hantu” ilegal dengan cepat muncul, menarik Batou dan rekannya Togusa menjadi jaringan konspirasi yang berbahaya.
Ketika penyelidikan mereka berlangsung, garis antara manusia dan mesin terus kabur, dan kenyataan dan persepsi menjadi tidak dapat dibedakan. Menghadapi musuh -musuh yang aneh dan berbahaya, Batou dan Togusa menjelajahi dunia futuristik yang dipenuhi dengan mesin dan boneka hidup tetapi benar -benar tanpa kemanusiaan.