Sinopsis Sidonia no Kishi: Daikyuu Wakusei Seneki/Knights of Sidonia: War of the Ninth Planet/Sidonia no Kishi: Dai-kyuu Wakusei Seneki/シドニアの騎士 第九惑星戦役/Knights of Sidonia: Battle for Planet Nine: Setelah hampir tidak melarikan diri dari tabrakan dengan gauna raksasa dengan mengorbankan banyak kehidupan manusia, Kobayashi – kapten pesawat ruang angkasa Sidonia – didorong untuk mengubah paradigma politiknya. Begitu dia mengambil kekuatan penuh, Kobayashi bertujuan untuk memberantas Gaunas dari sistem LEM di mana mantan Sidonia baru -baru ini mendirikan sebuah koloni. Ambisinya dibenarkan oleh dua terobosan: pengembangan senjata anti-Gauna jarak jauh yang sangat efektif, dan penciptaan Tsumugi Shiraui-chimera manusia-Gauna pertama yang memiliki kekuatan destruktif yang besar.
Menghadapi permusuhan terhadap Chimeras dan ekspedisi militer berskala besar yang tidak pasti, Kobayashi meminta bantuan pilot elit baru Nagate Tanikaze. Karena pengalaman pribadinya dengan Shizuka Hoshijiro dan plasenta Benisuzume, Tanikaze segera mengembangkan ikatan yang erat dengan Tsumugi. Ketika pertempuran terakhir melawan lawan kemanusiaan yang paling tangguh mendekat, Tanikaze mencoba menikmati hari -hari terakhir kedamaian dengan temannya Izana Shinatose – semuanya sementara Kobayashi diam -diam mengejar pengembangan senjata eksperimental yang bisa mengarah pada penghancuran total Sidonia.
